Mediante Acuerdo No.05 del 21 de febrero de 1921,  el Honorable Concejo de Cali creó el cargo de Inspector y Fiscal de Rentas, iniciándose de esta manera el control  fiscal en la ciudad. Según Acuerdo No.15 del 21 de junio de 1922, se creó la Comisión Fiscal y se le fijaron funciones;  la comisión fue compuesta por tres miembros independientes,
 así: el Presidente de la Comisión de Hacienda y Cuentas del Concejo y dos funcionarios nombrados por la Junta Municipal de Hacienda.
El Acuerdo No.30 del 11 de diciembre de 1922, creó el cargo de Interventor Fiscal del Distrito;luego mediante Acuerdo No. 17 de 1923, se organizó la fiscalización permanente del municipio y se amplió la cobertura del control a las oficinas de manejo de la Administración Municipal. Con el Acuerdo No.74 de 1926, el Honorable Concejo creó la Inspección Fiscal del Municipio que se encargó de la revisión de cuentas de los responsables de llevar  la Contabilidad y Estadística, la cual funcionó hasta finales del año de 1939.
Por Acuerdo No.55 del 19 de diciembre de 1939, se creó la Contraloría Municipal de Santiago de Cali. Posteriormente el Alcalde Municipal de la época,  a través de facultades especiales que le confirió el Honorable Concejo de Santiago de Cali, expidió el  Decreto Extraordinario No.1091 del 30 de junio de 1979, "Por el cual se expidió el Código Fiscal del Municipio de Santiago de Cali, el cual contenía todas las disposiciones relacionadas con el control fiscal que en ese entonces ejercían la Contraloría Municipal y las auditorías para los entes descentralizados. Dicho Código Fiscal rigió
hasta la expedición de la Ley 42 de 1993.
Posteriormente con la expedición de la Ley 42 de 1993, que trata sobre la organización del sistema de control
fiscal financiero y los organismos que lo ejercen, se derogó el control previo y perceptivo. Estableció sistemas de Control más amplios bajo los principios de eficiencia, eficacia, economía y valoración de los costos ambientales. Es importante destacar que la Constitución de 1991 centró todo el control fiscal en la Contraloría General de la República y en las contralorías del orden territorial, razón por la cual desaparecieron las Auditorías delegadas para llevar a cabo esta función.
Con el Acuerdo 28 de diciembre de 1993, el Honorable Concejo de Cali incorporó a la estructura orgánica de la Contraloría Municipal, las plantas de cargos de las auditorías fiscales ante las entidades descentralizadas del Municipio: EMCALI, EMSIRVA, INVICALI.
Luego, con el Acuerdo 07, del 8 de septiembre de 1996, se dictaron normas sobre organización y funcionamiento de
la Contraloría Municipal de Santiago de Cali y se estableció su estructura orgánica que se ajusta con el Acuerdo 12 de 1998.

Mediante Acuerdo No. 021, de diciembre de 1998, "Por medio del cual se modifica la Estructura Orgánica y Planta de Cargos de la Contraloría Municipal de Santiago de Cali”, se logró mejorar la estructura orgánica de la entidad y la adecuación de los cargos de Carrera Administrativa según la Ley 443, del 11 de julio de 1998, para el buen desarrollo de un mejor control fiscal en toda la Administración Municipa. La Ley 617 del 2000, que ordenaba el ajuste fiscal para los Entes Territoriales, afectó a la Contraloría Municipal de Santiago de Cali.
Este Ente de Control Fiscal contaba con 502 servidores públicos, al ser aplicado el Acuerdo No. 078 del 22 de marzo de 2001 y adoptado por la Contraloría Municipal por la Resolución No. OP- 601 del 28 de junio del mismo año, redujo la planta de personal de 502 a 238 funcionarios, reduciéndola en 264 servidores públicos.
Mediante el Acuerdo No. 0160 del 2 de agosto de 2005, el Honorable Concejo de Cali, fijó y adecuó la estructura,
 la organización y funcionamiento de la Contraloría General del Municipio de Santiago de Cali, se estableció la planta de
personal, escala salarial y se dictaron otras disposiciones.
Mediante la Ley 1933 del 1 de agosto de 2018, se categorizó al Municipio de Santiago de Cali como Distrito Especial Deportivo, Cultural, Turístico, Empresarial y de Servicios.
El Acto Legislativo 04 del 18 de septiembre de 2019, efectuó una reforma al Régimen del Control Fiscal en Colombia y con ella una modificación a los Artículos 267, 268, 271, 272 y 274 de la Constitución Política de Colombia.
El 16 de marzo de 2020 se profirió el Decreto 403 “Por el cual se dictan normas para la correcta implementación del Acto Legislativo 04 de 2019 y el fortalecimiento del control fiscal”, por medio del cual se desarrollan los citados artículos
de la Constitución Política, en especial las siguientes materias:
Principios, sistemas, procedimientos y funciones de vigilancia y control fiscal, incluidas aquellas relacionadas con el
proceso de responsabilidad fiscal y su cobro coactivo; implementación de dos nuevas modalidades de control,
el concomitante y preventivo para la Contraloría General de la República; define las competencias entre la Contraloría
General de la República y las contralorías territoriales;se define el Sistema Nacional de Control Fiscal - SINACOF; y la implementación del control jurisdiccional de los fallos de responsabilidad fiscal.