La estructura organizacional :

1. Despacho del Contralor Municipal.

2. Despacho del Subcontralor.

3. Secretaría General.

4. Dirección Administrativa y Financiera.

4.1. Subdirección Administrativa.

5. Dirección Administrativa de Control Interno Disciplinario.

6. Dirección Técnica ante la Administración Central Municipal.

7. Dirección Técnica ante el Sector Físico.

8. Dirección Técnica ante el Sector Salud.

9. Dirección Técnica ante EMCALI EICE E.S.P.

10. Dirección Técnica ante los Recursos Naturales y Aseo.

11. Dirección Técnica ante el Sector Educación.

12. Dirección Operativa de ResponsabilidadFiscal.

12.1. Subdirector Operativo de Responsabilidad Fiscal

12.2. Subdirector Operativo de Sanciones

12.3. Subdirector Operativo de Cobro Coactivo

13. Oficina Asesora Jurídica.

14. Oficina Asesora de Planeación, Normalización y Calidad.

15. Oficina Asesora de Comunicaciones.

16. Oficina de Auditoria y Control Interno.

17. Oficina de Informática.

18. Oficina de Control Fiscal Participativo.